Kada je u proljeće 1901. godine na otoku Minger, dvadeset devetom vilajetu Osmanskog Carstva, izbila epidemija kuge, sultan Abdulhamid prvo šalje glavnog sanitarnog inspektora, hemičara Bonkowski-pašu, a potom mladog i uspješnog doktora Nurija, da zaustave epidemiju. Neposredno prije toga, padišah je mladog doktora oženio sultanijom Pakizom, kćerkom svog starijeg brata Murata V, kojega je držao zatočenog na dvoru, tako da i ona sa svojim suprugom kreće na to putovanje. Na otoku su mladi i nacionalno osviješteni osmanski oficir kulaga Kamil i djevojka s otoka, njegova voljena Zejneb, te valija Sami-paša i njegova lijepa ljubavnica Marika.
Roman Noći kuge priča je o ljubavi i borbi ljudi posvećenih provođenju epidemioloških mjera, s kugom, običajima i tradicijom na otoku, i u konačnici – njihovoj međusobnoj borbi u nastojanju da prežive. Ovaj uzbudljiv politički i ljubavni, ali i historijski roman, u kojem Pamuk na vješt način propituje epidemiju, karantin, državu i pojedinca, svojom tematikom dotiče se i našeg doba.